يواجه تطبيق التقويم الشامل بعض المعوقات التي تحول دون تحقيق الأهداف المرجوة، ومن أبرزها ما يلي:
- عدم شمولية مهارات التقويم الشامل للجوانب السلوكية والأنشطة غير الصفية.
- عدم بناء المنهج وفق المهارات المطلوبة.
- كثرة المهارات المطلوب إكسابها للتلميذ وذلك لكبر المقرر الدراسي.
- عدم وجود آلية موحدة توضح كيفية تنفيذ التقويم الشامل.
- وجود كثير من المهارات المركبة مما يجعل تقويمها صعبًا.
- ضعف التوافق أحيانًا بين مفردات المقررات والمهارات المحددة في بطاقة التقويم.
- كثرة الأعباء التدريسية على المعلم.
- كثرة الأعباء الإشرافية والعملية على المعلم.
- كثرة عدد التلاميذ داخل الفصل.
- ضعف البرامج التدريبية للمعلمين المتعلقة بالتقويم الشامل.
- عدم تدريب المشرفين التربويين على التقويم الشامل قبل تطبيقه بوقت كاف.
- عدم تدريب مديري المدارس على التقويم الشامل قبل تطبيقه بوقت كاف.
- ضعف برامج الكليات وعدم اهتمامها بالتقويم بشكل جيد.
- عدم وجود برنامج مخصص لتبادل الزيارات وتعميم الخبرات الناجحة بين المعلمين.
- سلبية المناخ المدرسي الذي ينعكس سلبًا على دافعية المعلم للإنجاز حيث يحتاج التقويم الشامل إلى مجهود كبير ومتابعة مستمرة وتعود معظم أسباب هذه السلبية إلى المشكلات التي تنشأ بين المعلم والمدير.
- عدم وجود جهاز فني متخصص بالقياس والتقويم بإدارات التعليم يشرف على التقويم الشامل.
- إهمال الجوانب الوجدانية للتلميذ في عملية التقويم،
- ضعف دور الإعلام التربوي في التوعية بأهمية التقويم الشامل وخطوات إجرائه ويتضح ذلك في ضعف إدراك أولياء أمور التلاميذ لماهية التقويم الشامل ودورهم فيه مما يؤدي إلى ضعف اهتمامهم بنتائج التقويم الشامل.
- نقص الإمكانات المادية اللازمة لتطبيق التقويم الشامل بشكل فعال.
- قلة وجود مصادر التعلم المتنوعة، وعدم وجود أدلة تساعد المعلم على التطبيق الجيد لنظام التقويم الشامل.
- غياب المحاسبة التي تلزم المعلم باتباع التطبيق بشكل كامل دون الإهمال في جانب أو التقصير في جانب من جوانبه، وعدم إلزامه بتدوين ملاحظاته كتابيًا والاكتفاء بالمتابعات الذهنية.
- ضعف برامج إشراك ولي الأمر في التقويم من خلال تزويده بخلفية عن ماهية التقويم الشامل وتوضيح مصطلحاته ورموزه وإجراءاته والمعوقات التي تعترض التلميذ ومشاركته في حلها، ويكون هذا بالاهتمام بمجالس الآباء والأمهات.
